Из всех перепробованных мною способов заставить IE 6 (и ниже) понимать прозрачность (альфа канал) в png подошел JavaScript - SuperSleight. Все остальное, что выдал google на запрос о прозрачности png в Internet Explorer 6 либо не работало, либо применялось к первому png-файлу, а все остальные оставались без изменений.
Особенность SuperSleight – понимание не только тега но и ссылок на картинки в файлах с css стилями (например, свойство background). Вес скрипта (ужатого) – 1,4 кб. + gif (49 байт).
Подключается скрипт через условный комментарий:
<!--[if lte IE 6]> <script type="text/javascript" src="supersleight-min.js"></script> <![endif]-->
В самом скрипте можно указать путь к gif (который заполнят пустоту в png файле)
var shim='x.gif';
Еще есть IE PNG Alpha Fix – работает через параметр CSS behaviors, но весит он больше (~3 кб) и у меня он почему-то не захотел обрабатывать все картинки, а только первую.