Наткнулся на действенный способ исправления неправильной кодировки в MySQL, когда БД и таблицы в latin1, а надо что бы было utf-8 или cp1251.
В статье описаны несколько способов конвертирования кодировок, среди которых упоминается мощный конвертор кодировок iconv доступный под Linux.
Для тех, кто все еще обитает под Windows есть портированный вариант этой программы под эту ОС. Это стало возможно благодаря проекту GnuWin32, в котором доступны многие утилиты из мира Linux, в том числе и iconv.
Iconv под Windows берем с страницы GnuWin32 Packages.
Пример использования:
iconv -f UTF-8 -t CP1251 file_in.txt > file_out.txt